Nach Erwerb des Gemeindezentrums vom Erzbistum Berlin durch die St. Agnes Immobilien- und Verwaltungsgesellschaft mbH 2012 entwickelten Johann und Lena König mit dem Architekten Arno Brandlhuber (Brandlhuber+ Emde, Burlon) und unter Berücksichtigung der architekturhistorischen und kirchengeschichtlichen Bedeutung ein Nutzungskonzept, das mit möglichst geringen Eingriffen in den Bestand durch Riegler Riewe Architekten realisiert wurde. 

Im Mittelpunkt der das ganze Ensemble einschließenden Sanierungs- und Umbaumaßnahmen stand die Kirche selbst, die seit 2015 von der KÖNIG GALERIE als zentrale Ausstellungsfläche genutzt wird. Nach der Eröffnung nannte der Kunstkritiker Tobias Timm den neu entstandenen Ort „eine feste Burg für die Kunst“.

Um eine zusätzliche Ebene zu erhalten, wurde in das Kirchenschiff im Erdgeschoss (750 Quadratmeter) – auf Höhe der einstigen Empore – ein auf 16 Betonstelen ruhender, rundherum frei schwebender Betontisch eingebracht. Erreicht wird dieser nun als Hauptausstellungsraum der Galerie fungierende Raum (440 Quadratmeter) nach wie vor über das dreiläufige, quadratisch gebaute Kirchturmtreppenhaus, das einst auch auf die Empore führte. Der Fußboden aus Hirnholzpflaster wurde entfernt und ebenfalls durch einen Betonestrich ersetzt. 

Oberstes Ziel aller Umbaumaßnahmen, so Brandlhuber, sei es gewesen, die Eigenlogik Werner Düttmanns durch minimalinvasives Bauen konsequent weiterzuverfolgen und die Substanz des Baus zu erhalten: „Die eingestellte Ebene bringt wie ein einziger, sauber geführter, leichter Schnitt den Raum zum Funktionieren.“

Für die fertiggestellte Transformation von St. Agnes wurden Architekten und Bauherren 2016 mit dem Berliner Architekturpreis sowie 2018 mit dem BDA Preis Berlin (Bund Deutscher Architekten) ausgezeichnet. 

Im Jahr 2016 eröffnete die Galerie – in Kooperation mit der Königlichen Gartenakademie und Jörg Käding Garten- & Landschaftsbau – den Skulpturengarten der KÖNIG GALERIE, der sich nun rund um die St. Agnes-Kirche erstreckt (1794 Quadratmeter). Über das Gartenprojekt schrieb der Architectural Digest, nun habe die Galerie „ein Refugium geschaffen, in dem sich Kunst, gestaltete Natur und die brutalistische Architektur von St. Agnes wunderbar ergänzen“.

Der denkmalgeschützte und weitgehend im Originalzustand erhaltene Gesamtkomplex im Besitz der St. Agnes Immobilien- und Verwaltungsgesellschaft mbH ist zu einem Quartier für Kunst und Kultur im weitesten Sinne avanciert: Die ehemaligen Pfarrwohnungen dienen weiterhin als Wohnungen, im ehemaligen Gemeindesaal sitzt Molecule, im vorderen Bereich des Gemeindehauses das Café westberlin, und im hinteren Teil, dem einstigen Gemeindekindergarten, residiert die New York University.

Die Gesellschaft ist sowohl erbbauberechtigte Eigentümerin der sich auf der Anlage St. Agnes befindlichen Gebäude sowie deren Bauherrin und Betreiberin.